Sau khi xưng Tân Đế, Vương Mãng đổi danh hiệu của bà là Tân thất Văn Mẫu Thái hoàng thái hậu (新室文母太皇太后). Sau Vương Mãng sợ danh hiệu Thái hoàng thái hậu của bà khiến thiên hạ tưởng nhớ nhà Hán, nên đổi gọi Văn mẫu Hoàng thái hậu (文母皇太后), giản xưng Trường Thọ cung (長壽宮)[42].

Vương Mãng thỉnh Vương Chính Quân đến Trường Thọ cung, thấy miếu của Hán Nguyên Đế đã đổ nát, bèn nói:「“Đây là Hán thất Tông miếu, đều có thần linh tồn tại, là phạm vào tội gì làm ngươi hủy diệt! Nếu thiết quỷ thần vô tri, tu miếu có ích lợi gì? Nếu có biết, ta nguyên bản là phi thiếp của người ta, có thể nào bôi nhọ Tiên đế chi miếu?!”」. Sau đó, bà hướng đến tả hữu, nói:「"Người này coi thường thần linh, không thể nào được trời cao phù hộ lâu dài!”」, vì thế tiệc rượu tan rã trong không vui[43]. Vương Mãng biết Vương Chính Quân oán hận mình, thường cố lấy lòng bà, nhưng Vương Chính Quân càng ngày càng không vui. Vương Mãng cho rằng chế độ triều Hán nên thay đổi, mà y phục Hán triều vốn dĩ mang màu đen ảm đạm, liền đổi thành hoàng y, các ngày lễ cũng muốn đổi. Tuy nhiên Vương Chính Quân vẫn quyết mặc y phục đen, những ngày lễ của Hán triều cũng một mình cùng tả hữu hai bên tổ chức tiệc rượu.

Năm Thủy Kiến Quốc thứ 5 (13), ngày 3 tháng 2 (âm lịch), Thái hoàng thái hậu Vương Chính Quân qua đời, thọ 84 tuổi. Tháng 3 cùng năm, bà được an táng cùng Hán Nguyên Đế tại Vị lăng (渭陵), tuy cùng mộ nhưng lại không cùng huyệt. Vương Mãng cũng lập Miếu thờ riêng thờ bà, dặn con cháu họ Vương đời đời về sau sẽ hiến tế bà, Vương mãng còn vì bà mà mặc tang phục 3 năm[44]. Hán triều đã mất, không có lễ dâng thụy, cách gọi theo kiểu thụy hiệu là Hiếu Nguyên Hoàng hậu (孝元皇后) là vì bà là Hoàng hậu của Hán Nguyên Đế. Mười năm sau (23), Vương Mãng bị lật đổ, nhà Hán được khôi phục[45].

Tính từ khi nhập cung năm 18 tuổi tới khi không còn ở ngôi Thái thái hoàng thái hậu năm 80 tuổi, Vương Chính Quân là người phụ nữ lên đến ngôi vị Hoàng hậu ở trong cung nhà Tây Hán lâu nhất, trải qua 62 năm (54 TCN - 8) thuộc 6 đời Hoàng đế nhà Hán; gồm Hán Tuyên Đế, Hán Nguyên Đế, Hán Thành Đế, Hán Ai Đế, Hán Bình Đế và Nhũ Tử Anh[46]. Bà vào cung 5 năm, làm Tiệp dư 3 năm, làm Hoàng hậu 13 năm, làm Hoàng thái hậu 26 năm và Thái hoàng thái hậu 12 năm. Tính từ khi được phong làm Hoàng hậu năm 46 TCN tới năm 8 khi mất ngôi, bà có 54 năm trên ngôi vị Hoàng hậu, Hoàng thái hậu và Thái hoàng thái hậu, là bà hoàng tại vị lâu nhất trong lịch sử nhà Hán[46].

Sách Hán thư khi biên "Liệt truyện", đã biên truyện về bà ở mục khúc hẳn các Hoàng hậu khác, gọi là [Nguyên hậu truyện; 元后傳][47].